深圳北站設計有兩大亮點。一是與傳統火車站相比，深圳北站將公交、地鐵、出租、長途客運、小汽車等城市交通形式全部整合進來，旅客在站內就可以享受“零換乘”的便捷，二是與國內的火車站都采取的從上層進站、下層出站的人流組織形式不同，為了配合樞紐以步行人流換乘集散交通層為中心的流線組織，國家鐵路首次在深圳北站實現了“上進上出”的人流組織，這也是國內唯一采用“上進上出”的大型火車站。